武蔵御嶽神社・本殿（ほんでん）の御祭神は、 櫛麻智命（くしまちのみこと）、大己貴命（おほなむちのみこと）、少彦名命（すくなひこなのみこと）、日本武尊（やまとたけるのみこと）、廣國押武金日命（ひろくにおしたけかなひのみこと ※）。
随所に菊の御紋をいただく当社殿が造営されるまでの社殿（旧本殿）は玉垣内に移築され、「常磐堅磐社」として祀られています。

※ 廣國押武金日命は、神仏習合の教説で「蔵王権現」と同一の神格とされています。

幣殿・拝殿（へいでん・はいでん）は、徳川治世となって江戸の「西の護り」として東向きに改築され、現在も東京の街を見守る本殿の前に位置します。
元禄13（1700）年に5代将軍綱吉の命によって改築され、修復を重ねながら今も大切に使われています。

大口真神社（おほくちまがみしゃ）の御祭神は、大口真神。
御祭日は、1月3日・5月15日・9月29日。
かつて山中に迷われた日本武尊は、道を拓き導いた狼に「 "大口真神" としてこの山に留まり、すべての魔物を退治せよ」と仰せられました。特に江戸時代からは諸災厄除・盗難・火難除の守護の神として神符を「おいぬ様」とあがめ、戸口に貼る、敷地にお社を建てるなど、家の守り神とする信仰が広まりました。

常磐堅磐社（ときはかきはしゃ）の御祭神は、全国一の宮の神々等・八十七柱。
本殿として永正8（1511）年に一間社流造・銅板葺きの桃山様式で創建された、歴史を伝える貴重な建造物です。明治10（1877）年に現在の本殿に建て替えられた際、移築されて「常磐堅磐社」となりました。
国指定重要美術品。昭和27（1952）年11月3日、東京都指定有形文化財に指定。
令和3年3月、漆の塗り替え工事を完了しました。

皇御孫命社（すめみまのみことしゃ）の御祭神は、天瓊々杵命（あめのににぎのみこと）。"天地が豊かに栄え、稲穂が豊かに実る国の壮健な男子"という御名の神。天孫降臨神話の主役で、皇室の基礎の神とされます。
社殿は複雑な屋根の軒先に「三葉葵」の紋があり、かつては東照社の社殿であったことがうかがえます。
令和3年2月、腐朽修理工事にともない、屋根を「瓦棒銅板葺」から創建当初の姿に近い「平葺」へと葺き替えました。

東照社（とうしょうしゃ）の御祭神は、徳川家康公（とくがわいえやすこう）。
当社を江戸の「西の護り」とし、長く平安の世となる基礎を築いた江戸幕府の初代将軍・徳川家康公の御霊をお祀りしています。
御扉には、徳川家の家紋である「三葉葵」の紋があしらわれています。

巨福社（こふくしゃ）の御祭神は、埴山比女神（はにやまひめのかみ）。農作物を豊かにしてくれる土の神です。
古来、巨福社の周りの土は霊験が強いとされ、"持ち帰って畑などに撒くと虫などの害を防ぐ"という信仰が伝えられています。方位除・厄難消除の御砂としてもあがめられています。
「御砂」は神符授与所にて頒布しています。

"この神山の土の霊力が虫などの様々な害を防ぐ"という御神徳が刻まれた歌碑です。
　題字 ： 副島種臣 ／ 外務卿
　　詠 ： 本居豊頴 ／ 歌人、本居宣長の曾孫
　　書 ： 山岡高歩（鉄舟） ／ 政治家、思想家、剣・禅・書の達人

北野社（きたのしゃ）の御祭神は、菅原道真公（すがわらのみちざねこう）。
「天神様」と親しまれ、学問向上を願う人々の信仰を集めています。また、書・筆・文具などを奉納し、文筆の向上を願う人もいます。

神明社（しんめいしゃ）の御祭神は、天照皇大御神（あまてらすすめおほみかみ）、豊受比賣神（とようけひめのかみ）。
「神明様」と呼ばれ信仰される伊勢の神宮の神霊をお祀りしています。

二柱社（ふたはしらしゃ）の御祭神は、伊邪那藝大神（いざなぎのおほかみ）と伊邪那美大神（いざなみのおほかみ）。
この神話で最初の夫婦神が、あまたの国生み・神生みを行い、世界が生命力にあふれ変化に富む豊かなものとなったことから、生命の祖神とされています。

八柱社（やはしらしゃ）は、春日社（かすがしゃ）、八幡社（はちまんしゃ）、●養社（こかひしゃ）、八雲社（やくもしゃ）、●摩社（ゐがずりしゃ）、月乃社（つきのしゃ）、國造社（くにのみやっこしゃ）、八神社（はっしんしゃ）の総称。

※「こかひしゃ」の一文字目は、「神」の下に「虫」
　「ゐがずりしゃ」の一文字目は、「座」の左の「人」の位置に「口」

三柱社（みはしらしゃ）の御祭神は、大歳神（おおとしのかみ）、御歳神（みとしのかみ）、大山咋神（おおやまくいのかみ）。
豊年・豊作をあらわす"歳神"と、家運隆盛・水源の守護を司る"山の神"をお祀りしています。

稲荷社（いなりしゃ）の御祭神は、倉稲魂神（うかのみたまのかみ）。
御祭日は二月の初午の日。日々食物に困らず、商いできることに感謝し、山の民が集う稲荷社祭が執り行われます。

明治期のいわゆる神仏分離（神仏判然）以前は、仁王門であったと伝えられています。

疱瘡社（ほうそうしゃ）の御祭神は、山末大主神（やますゑのおほぬしのかみ）。
「疫神社（えやみのかみしゃ）」とも呼ばれ、御神域である山内に疫病などの穢れが入らぬように、防いでいただけますようにと祀られています。