当社の創建は崇神天皇の時代と伝えられ、古くから霊山として信仰されてきました。多くの神様をお祀りしていますが、特に「おいぬ様」として親しまれる日本狼の神様・大口真神さまを祀ることで知られます。自然を敬う人々の信仰心が、今も脈々と受け継がれています。

御岳山山頂（標高929m）の境内に、本殿・拝殿をはじめ数々の神を祀るお社があります。本殿奥の玉垣内にある各社は、9時から16時まで自由に参拝いただけます。隣接する富士峰園地には産安社、奥の院の頂上には男具那社があります。

山の神霊を祀る修験の聖地、あるいは武蔵の国魂の天降る山として国府の祭祀を設け、関東平野の農業を守る神山として、また日本武尊を祀る武神の山として、武蔵御嶽神社では、古式ゆかしい祭りが一年を通して行われています。